Para convertir una partición FAT32 a NTFS sigue estos pasos:

1) Ve a Inicio, Programas y clickea en Símbolo de Sistema. (O ve a Inicio, Ejecutar y escribe cmd).

2) Dentro de Símbolo de Sistema escribe CONVERT [letraunidad]; /FS:NTFS (Ejemplo: CONVERT C: /FS:NTFS)

Nota: A pesar de que las chances de daño o pérdida de los datos durante la conversión es casi nula, es bueno realizar un respaldo de la información de esa unidad antes de ejecutar el comando CONVERTIR. Para esto puedes copiar la información y pegarla en otra unidad o disco externo o utilizar alguna de las herramientas profesionales.